KBFI vajas paralleelarvutusteks sobivat HPC klastrit (high performance computing cluster)
Käesoleva lahenduse hankimise eesmärgiks on KBFI kvantkeemia töörühma paralleelarvutusteks optimeeritud SMP arvutussõlmede ja neid ühendava madala MPI- latentsusega lairiba klastri infrastruktuuri ajakohastamine.
Lahendus hakkab teenindama Accelrys Materials Studio, CPMD, Gaussian ja teistel tarkvarapakettidel põhinevaid tahke keha ja molekulaarsete süsteemide elektronstruktuuri ja reaktsioonidünaamika arvutusi.
Hange kaasrahastati Euroopa Liidu struktuurifondidest.
Dell PowerEdge R905 baasil 96-tuumaline lahendus
Käesolev lahendus koosneb neljast Dell PowerEdge R905 serverist (edaspidi Node), Mellanox 36-port 40Gb/s InfiniBand võrgulülitist, HP ProCurve 1810-24 Gigabit Ethernet võrgulülitist, Dell KVM-lülitist ja konsoolist ning Dell Precision 3500 juhtkonsoolist. Seadmed on paigaldatud Dell 2420 (24U) seadmekappi.
Igas serveris on neli kuue-tuumalist protsessorit – kokku 24 tuuma serveri kohta. Lahenduse summaarne tuumade arv on 96 (4 node x 4 CPU x 6 tuuma). Igas serveris on mälu 16 x 2GB 667MHz moodulitena. Lahenduse summaarne mälu on 128GB.
Lahenduse haldamise tarkvarana võetakse kasutusele Platform Cluster Manager ja Intel Compiler Suite Professional Edition.
Tehnilised üksikasjad
Node’de konfiguratsioonid
- Serveri baas 4 x PowerEdge™ R905
- Protsessorid: 4 x Six Core AMD Opteron™ 8435; 2.6GHz, 75W ACP, HT-3
- Mälu: 32GB Memory for 2/4 CPUs, DDR2, 667MHz
- Optiline seade: 16X DVD+/-RW Drive SATA
- Toiteplokid: Redundant High Efficiency Power Supply Unit
- Korpus: PowerEdge™ R905 Server Rack Chassis
- Võrguliidesed: TCP/IP Offload Engine (4P TOE), iSCSI Ready
- Kõvakettad: 1 x 145GB, SAS, 3.5-inch, 15K RPM Hard Drive (Hot Plug)
- 2 x 600GB, SAS, 3.5-inch, 10K RPM Hard Drive (Hot Plug)
- Lisakaart: Mellanox ConnectX Single-Port 40Gb/s PCI Express 2.0 InfiniBand HCA card
- Tarkvara versioon: OFED 1.5.1 RHEL5.4
- OS: Red Hat Enterprise Linux 5.4 Server
Node’de vaheline ühendus
- InfiniBand Mellanox 3600Q 36-port 40Gb/s switch
- HP Procurve Gigabit switch
Juhtkonsooli konfiguratsioon
- Konsooli baas Dell Precision™ T3500 Mini-Tower
- Protsessorid: 1 x Intel® Xeon® Processor E5530(2.40GHz,8MB L3, 5.86GT/s,80W,QC)
- Mälu: 4GB DDR3 ECC Memory (1066MHz, 2x2GB)
- Kõvakettad: 2 x 500GB (7200 RPM) SATA 3.0Gb/s Hard Drive with NCQ and 16MB DataBurst Cache™
- Klaviatuur/Hiir: Eesti paigutusega klaviatuur, Dell Black 2 Button USB Optical Mouse
- Võrguliidesed: 1Gigabit võrgukaart
- Graafikaliides: Video Card 512MB PCIe x16 NVIDIA Quadro FX 580
- Optiline seade: 16X DVD+/-RW Drive with PowerDVD and Roxio Media Included
- OS: Red Hat Enterprise Linux 5.4 Server
HPC tarkvara
- Platform Cluster Manager
- Intel Compiler Suite Professional Edition
HPC võimsus GFLOPS
Reaalmaailma testid on andnud 8345 protsesori võimsuseks ca 100 GFLOPS, seega on aritmeetiline HPC koguvõimsus 4 x 4 x 100 GFLOPS = 1,6 TFLOPS. See ona ligikaudne võimsus, tegelik effektiivne võimsus mingi konkreetse ülesande lahendamisel sõtlub paljudest asjaoludest nagu algoritmi efektiivsus jne.
Muud
- Dell 24U Rack
- Dell PDU (Power Distribution Unit)
Süsteemis kasutatakse AMD Opteron™ 8435 6-tuumalisi protsessoreid. Mudel valiti tänu madalale voolutarvidusele (vaid 75W), samas suurele jõudlusele (2,6 GHz, HyperTransport 56,7 GB/s, 9MB L2+L3 cache). Nimetatud protsessoriperekond annab parima hinna-võimsuse suhte.
Nils-Erik Vallikivi, infrastuktuurilahenduste müügijuht nils-erik.vallikivi@it.ee, mob +372 52 31 852
Pildid:
KBFI 96-core klaster (4 node x 4 CPU x 6 core)
Dell PowerEdge R905 Quad CPU node
Infiniband Mellanox MTS 3600Q 40GB/s switch ja HP ProCurve 24 Gigabit switch
